在深圳，当夫妻双方决定协议离婚时，子女的抚养权问题是非常重要的一环。根据《中华人民共和国婚姻法》的规定，父母对子女有抚养教育的权利和义务，无论离婚与否，这一点都不会改变。在协议离婚时，双方应就子女的抚养权、探视权以及相关费用的承担等达成共识，并以书面形式明确。
首先，双方需要考虑孩子的利益，包括年龄、健康状况、生活和教育需求等。通常情况下，对于年幼的孩子，法律倾向于赋予母亲抚养权，但这并不是的。如果父亲能够提供更好的抚养条件，也有可能获得抚养权。
其次，双方应协商确定抚养费的数额和支付方式。抚养费的数额应根据孩子的实际需要和双方的经济状况来确定，以确保孩子的基本生活和教育开支得到保障。
此外，不直接抚养孩子的一方有权要求探视权，以保持与孩子的亲情联系。探视权的具体安排应当合理，不影响孩子的正常生活和学习。
在实际操作中，双方可以通过律师的协助起草离婚协议书，明确双方关于子女抚养权的各项约定。如果双方在孩子抚养问题上达不成一致意见，可以请求法院介入调解或判决。
总之，深圳夫妻协议离婚时，子女的分配应以孩子的利益为原则，通过双方协商或法律途径来解决。在这个过程中，专业律师的指导和帮助是非常必要的，以确保双方的权益得到妥善处理，孩子的成长环境得到的保护。