在深圳离婚时，两个孩子的抚养权归属通常会根据以下原则进行判定：
法律依据
根据《中华人民共和国民法典》千零八十四条的规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
实际操作
协议协商：如果夫妻双方能够就孩子的抚养权问题达成一致，且该协议对子女的健康成长无不利影响，法院通常会予以认可。双方可以协商约定由某一方直接抚养，也可以约定由双方轮流抚养、共同抚养。
法院判决：
不满两周岁的子女：一般会判给母亲直接抚养，除非母亲存在患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病等不利于子女生活的情况。
已满两周岁的子女：法院会综合考虑父母双方的经济条件、收入稳定性、教育背景、与孩子的感情状况等因素，按照有利于未成年子女的原则进行判决。例如，如果一方有稳定的工作和较高的收入，且有更多时间陪伴孩子，这可能会成为争取抚养权的有利因素。
已满八周岁的子女：法院会尊重孩子的意愿，但孩子的意见并非的决定性因素。
特殊情况
如果一方存在家庭暴力、虐待子女等严重不利于子女身心健康的行为，另一方可以主张变更抚养权。
若双方的抚养条件基本相当，且双方均要求子女与其共同生活，此时是否有与(外)祖父母共同生活的经历以及(外)祖父母是否有意愿且有能力照顾孩子，可能也会成为法院考虑的因素之一。
其他因素
经济状况：法院会考虑双方的经济能力，确保孩子的生活和教育不受影响。
抚养能力：包括双方的身体健康状况、是否有时间和精力照顾孩子等。
孩子的意愿：如果孩子达到一定年龄，法院也会尊重其意愿。
现状维持原则：若改变现有生活环境对孩子不利，法院可能会倾向于维持现状。
总之，在深圳离婚时，两个孩子的抚养权归属需要综合考虑多方面因素，以确保孩子的利益得到保障。