在深圳市，夫妻离婚时如果涉及三个孩子的抚养权纠纷，法院会根据具体情况来判决抚养权的归属。以下是详细的处理方式：
协商解决
双方可以尝试通过协商的方式解决抚养权问题，包括谁拥有抚养权、如何分担抚养费用等。
如果协商成功，可以将协商结果写入离婚协议或法院判决中。
诉讼解决
如果协商不成，一方可以向法院提起诉讼，请求法院判决抚养权的问题。
根据《中华人民共和国婚姻法》第三十六条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。
法院判决
法院会根据双方的经济状况、孩子的年龄、健康状况等因素，依法作出判决。
根据《中华人民共和国婚姻法》第三十七条，离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议;协议不成时，由人民法院判决。
注意事项
在诉讼过程中，当事人应保留与抚养费有关的证据，如收入证明、财产证明、孩子的生活费用清单等。
如果一方故意拖延诉讼或拒绝执行法院判决，可能会面临法律责任。
综上所述，深圳离婚三个孩子抚养权的判决方式主要包括协商解决、诉讼解决、法院判决等。通过这些措施，可以有效解决离婚抚养权纠纷问题。