当房产证上只有男方的名字，但双方却在婚姻关系中，那么在离婚时该如何分割房产呢？根据我了解到的相关法律规定，离婚时房产的分配应该按照以下几个方面来考虑：
1. 婚前财产及婚后财产的情况：房产证上只有男方名字，但如果这套房子是夫妻在婚姻关系中所购买的，那么这就算作是夫妻的婚后共同财产，应该根据各自贡献分配财产。如果房产是男方在婚前所购买的，即为男方的个人财产，但如果女方在婚后对该房产进行了贡献，如有租金收入或者改善了房屋装修等，女方也可以有所分得，但具体分配比例需要双方协商或者依据法律规定。
2. 子女的抚养问题：在离婚时如果双方有子女，则房产的分配也要考虑到子女的抚养问题，如果父母离婚后子女的生活以及成长所需要的费用、房产维修费等开支需求，都应该在分配财产时根据子女的生活需要进行合理的考虑。
3. 双方自身条件：在房产分割的过程中还需要考虑到男女双方的财产状况以及生活现状，比如男方是否已经有了其他的住房，女方是否能够胜任独立生活等等因素，这些都有可能影响到房产的分配比例。
在具体操作时，双方当事人可以首先协商解决房产分割的问题，如果双方不能达成一致意见，则需要通过法律途径进行处理。一般情况下，如果能够在离婚协议里达成分配财产的共识，可以通过不动产登记机构直接办理房屋产权的转让，如果不能达成共识，则需要通过法院进行调解或者诉讼解决。
总之，在房产分割的过程中，男女双方都应该理智对待，尊重对方的权益，通过公平地、合理地分配财产，共同解决房屋产权问题，以便顺利完成离婚过程。